【セット商品管理】通常の商品コードとセット商品コード、同時に店舗別ページを作成することはできますか？

可能です。

画面：商品＞（β版）商品管理

「詳細検索」で検索する対象から「ぺージ情報単位で検索」を選択すると、該当する通常の商品とセット商品が全て検索できます。

検索結果の中から、店舗別ページを作成したい商品にチェックし、「ページ作成」をクリックすれば、同時作成が可能です。