自社在庫と倉庫在庫があるのですが、手起票したときだけ倉庫の在庫数から引き当てることはできますか？

恐れ入りますが、できかねます。

ネクストエンジンで上で倉庫の在庫数と自社在庫を分けて管理することが出来ないため、倉庫用と自社在庫用とで商品コードをわけて登録頂き、ご注文が入った際には、出荷元に応じて商品コードをご変更頂き、受注処理を行って頂ますようお願いいたします。